ساختمان مرکز قلب شهید رجایی شامل بخش های ذیل می باشد :

زیر زمین : پزشکی هسته ای ، MRI and CT  ، کت لب اطفال   ،   کلینیک نوتوانی   ، تست ورزش ،  داروخانه مرکزی

طبقه اول : رادیولوژی ، آزمایشگاه ، اورژانس ، درمانگاه (دو قسمت بالا و پایین )، خصوصی 1 ، CCUF ، کت لب بزرگسال

طبقه دوم : جراحی زنان ، جراحی مردان ، اتاق عمل ، ICUA ، ICUP ، ICUG  ، دفتر جراحی ، دفتر بیهوشی ، پاویون فلوشیپ ها ، خصوصی 2 ، PCCUB ، CCUC

طبقه سوم : ICUB ، CCUP ، اطفال شرقی ، اطفال غربی ، اکو کاردیوگرافی  ، کتابخانه ، کامپیوتر ، آموزش و پژوهش ، سمعی بصری ، پاویون رزیدنت و فلوشیپهای بیهوشی ، سالن های کنفرانس ، تریای پزشکان ، آندوسکوپی  ، تنفس ،

طبقه چهارم : CCUA ، CCUB ، POST CCUA  ، داخلی زنان ، داخلی مردان